Kort antwoord: molecuulgewicht = som van de gemiddelde residumassa’s + 18,015 Da voor één watermolecuul aan de vrije uiteinden. Het peptide MKTAYIAKQR weegt ongeveer 1.209,5 Da (1,21 kDa). Als snelle schatting voor elk eiwit geldt ongeveer 110 Da per aminozuur, dus 300 residuen geven rond 33 kDa.
De formule voor het molecuulgewicht van eiwitten
MW = Σ residumassa’s + 18,015 DaElke peptidebinding laat een watermolecuul vrij; er wordt er één teruggeteld voor de uiteindenDe calculator gebruikt gemiddelde residumassa’s, die de natuurlijke isotopenverdeling weergeven en overeenkomen met de waarden van ExPASy ProtParam. In massaspectrometrie worden soms iets lagere mono-isotopische massa’s gebruikt.
MKTAYIAKQR
- Met 131,19 + Lys 128,17 + Thr 101,11 + Ala 71,08 + Tyr 163,18
- + Ile 113,16 + Ala 71,08 + Lys 128,17 + Gln 128,13 + Arg 156,19 = 1.191,46
- + water 18,015 = 1.209,48 Da
Uitkomst: 1.209,48 Da (1,21 kDa)
Gemiddelde residumassa’s van aminozuren
| Aminozuur | Code | Residumassa (Da) |
|---|---|---|
| Glycine | G | 57,05 |
| Alanine | A | 71,08 |
| Serine | S | 87,08 |
| Proline | P | 97,12 |
| Valine | V | 99,13 |
| Threonine | T | 101,11 |
| Cysteïne | C | 103,14 |
| Leucine / isoleucine | L / I | 113,16 |
| Asparagine | N | 114,10 |
| Aspartaat | D | 115,09 |
| Glutamine | Q | 128,13 |
| Lysine | K | 128,17 |
| Glutamaat | E | 129,12 |
| Methionine | M | 131,19 |
| Histidine | H | 137,14 |
| Fenylalanine | F | 147,18 |
| Arginine | R | 156,19 |
| Tyrosine | Y | 163,18 |
| Tryptofaan | W | 186,21 |
Glycine is het lichtste residu, tryptofaan het zwaarste. Het gewone gemiddelde van de tabel ligt rond 119 Da.
Snelle schatting: de regel van 110 Da per residu
MW ≈ residuen × 110 DaNaar voorkomen gewogen gemiddelde in echte eiwittenKleine residuen zoals glycine, alanine en serine komen veel vaker voor dan tryptofaan, waardoor het gemiddelde in echte eiwitten rond 110 ligt. Een eiwit van 607 residuen zoals serumalbumine komt zo op ongeveer 67 kDa; in werkelijkheid is het 66,5 kDa.
Typische toepassingen
- SDS-PAGE-gels beoordelen aan de hand van de verwachte grootte.
- Experimenten plannen: massa omrekenen naar mol voor buffers en verdunningen.
- Methodesecties schrijven voor artikelen en scripties.
- Studie biologie en biochemie.
- Synthetische peptiden bestellen met de verwachte massa.
Waar deze calculator geen rekening mee houdt
- Disulfidebruggen halen er elk ongeveer 2 Da af.
- Posttranslationele modificaties zoals glycosylering voegen onvoorspelbare massa toe.
- Modificaties aan de uiteinden zoals amidering verschuiven de massa met een paar Da.
- Niet-standaard residuen worden overgeslagen.
Veelgestelde vragen
Hoe wordt het molecuulgewicht van een eiwit berekend?
Tel de gemiddelde residumassa van elk aminozuur op en daarna één watermolecuul (18,015 Da) voor de vrije uiteinden: MW = Σ residumassa’s + 18,015.
Wat zijn dalton en kilodalton?
Een dalton (Da) is de eenheid van molecuulmassa, ongeveer één waterstofatoom. Een kilodalton (kDa) is 1.000 Da.
Gemiddelde of mono-isotopische massa?
De gemiddelde massa voor het totale molecuulgewicht, zoals hier. De mono-isotopische massa wordt gebruikt in hogeresolutie-massaspectrometrie en is iets lager.
Waarom is de residumassa kleiner dan de massa van het aminozuur?
Elke peptidebinding laat een watermolecuul vrij. De residumassa is het aminozuur min dat water.
Waarom is de vuistregel 110 Da en niet 119?
Het gewone gemiddelde van de 20 residuen ligt rond 119 Da, maar kleine residuen komen in echte eiwitten veel vaker voor, dus het gewogen gemiddelde ligt rond 110.
Houdt de calculator rekening met disulfidebruggen of modificaties?
Nee. Elke disulfidebrug haalt er ongeveer 2 Da af, en glycosylering of fosforylering voegt massa toe die niet uit de sequentie te voorspellen is.
Gerelateerde tools
Over de nauwkeurigheid: de residumassa’s zijn standaard gemiddelde waarden, gecontroleerd met de insuline A-keten. Er wordt gerekend met de ongemodificeerde keten; controleer belangrijke waarden dus met een gespecialiseerde labtool.
Content Lead, Anchor AI Tools, Californië, VS. Een fout gezien? Mail naar hello@anchoraitools.com, dan controleren en verbeteren we het. Zie onze redactionele richtlijnen.